岡本宏史（外科医 Hiroshi Okamoto）@hiroshiok531 2022年12月26日
昨日のPlanet Rock TV @PLANETROCK2014
，川上先生のシェディング、感染後のウイルス動態、PCR検査すり抜け変異、covSPECTRUMという日本ほか世界で検出された変異株の検索サイトの話、必聴、贅沢。
私が魂を削ってどのくらい残っているのか自問するツイート取り上げて頂いて恐縮です。
自問し続けます。
あかたちかこ@akatachikako 2022年12月25日
コロナになって7日経った時に身体の中のウイルスはどうなってるのか？という話を川上浩一先生（@koichi_kawakami）が解説なう
https://twitcasting.tv/planetrock2014/movie/754848511?t=7354&s=1671973716
久里子@KurikoMmm8j 2022年12月26日
Dr.岡本先生お疲れさまです🌛
川上先生が
「岡本先生いい人だよね~」
と仰った時、皆さんの和やかな笑顔が印象的な場面です🗻
ーーーーーーーー
2022/12/25 の Planet Rock
YouTube、ないのだな。
ツイキャスはこちらで見てね。🔻
昨年のメリークリスマス。
2022/12/25 の Planet Rock
https://twitcasting.tv/planetrock2014/movie/754848511?t=7354&s=1671973716
FACTCHECK！
❌健康観察の担当者から受ける「1ヶ月くらいはPCR陽性となるかもしれませんが、それは死骸です」という説明は本当でしょうか？
https://x.com/koichi_kawakami/status/1605930619631828992?s=20
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FACTCHECK！
❌診断後…8日目以降に検体が採取された症例からは感染性ウイルスが検出されな かった？
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第98回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和4年9月7日）
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000121431_00348.html
資料３－２ －② 鈴木先生提出資料https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/000987065.pdf
川上先生が今書いている論文 Stealth Omicron: a novel SARS-CoV-2 variant that is insensitive to RT-qPCR using the N1 and N2 primers-probes.
ステルス・オミクロン：N1およびN2プライマー-プローブを用いたRT-qPCRに感受性のない新規SARS-CoV-2変種
大阪の医師から、ある検体（49歳）が、コロナのE遺伝子とN遺伝子（N２）を見る「 Xpert Xpress」という検査キットで、E遺伝子だと陽性だったが、N２だと陽性にならなかった。
そこで、その検体を、N遺伝子（N１とN２）を見ているRT-qPCR（タカラのキット）で検査すると陽性にならなかった。そこで、さらに TRCReady. SARS-CoV-2 (TOSO BIOSCIENCE 東ソー)で検査してやっと陽性になった。
その不思議な検体を大阪から送ってもらって調べた。
広い範囲でN遺伝子とS遺伝子を調べるようなプライマーを作った。
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その遺伝子をPCR検査だけではなく、もう少し広い範囲をとって、塩基配列を決めてやる。
それを元々の配列と比較すると、少しずつ、”違うところ（鉛筆で囲み）”がある。
これはS遺伝子の範囲だが、S遺伝子の範囲をこのように見ると、タカラの検査キットでは検出できなかったけれども、確かにオミクロンの「BA５.2」にいちばん似ている。
（T２２８８２G 場所とTからG の変異とメモ）
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そして、Nの部分をこうやってシークエンスしてやる。
それで「タカラのキット」というのは、”N遺伝子の中に”２つ”みるところがある”。
”黄色い部分に囲まれた範囲”のプライマーを作っていて、この部分を増幅して検出している。
上の画像と下の画像の ”２箇所” の ”黄色い部分に囲まれた範囲”を増幅して検出する。
そこをシークエンスしてやると、"黄色部分に囲まれた ”ピンク部分”"。
ピンク部分だけがプローブ（ある物質を検出するために用いる物質）になっていて、蛍光を発する。
それでPCR検査できる。
（上画像 N 1）ピンク部分で、２箇所、遺伝子が違う部分がある。
（下画像 N 2）ピンク部分で、１箇所、遺伝子が違う部分がある。
だから、大阪から来たタカラのキットで陽性を検出できなかった検体は、”タカラのキットが認識するNの２箇所ともに”変異”が入ってった”
（上画像 N 1）ピンク、２個の変異は、「BA５.2」には殆ど全部入っている。
だからBA５.2を検査するときは、２箇所のうちのこちらは、殆ど働いていない。
（下画像 N 2）ピンク部分だけで見ていることになる。
大阪からの検体は、たまたま（下画像 N 2）ピンク部分に１個、変異が入ってしまったから、そこでも検出できなくなってしまって、それでタカラのキットで検出できず、陽性にならなかったということが判った。
だから、このような変異が偶然入ってしまった変異株というのは、市中に蔓延している。
どの程度蔓延しているかは分からないが、このような変異株が出来つつある。
タカラのキットで検出できないということは、木下のキットでも検出できない。
木下のキットは、タカラではなく東洋紡のキットを使っているが、東洋紡も「N1」と「N２」と同じところを使っている。
今のPCRで検出できない変異株がいるということ。
ウイルス量が多くてもPCRで増えないので見つけられない。
症状があるのに陰性だったら怪しんだほうが良い。
この変異株の場合、「 Xpert Xpress」という検査キットなら、E遺伝子も見るから、Eで検出できる。
PCRの方は、シークエンスを見たらおかしなことが起こっていると分かるが、Nにもどんどん変異が入ってきているので、「抗原検査」の方は、感度が悪くなったら、何が起こっているのか、全然分からないことになる。
便利なサイト 変異株 丸わかり
covSPECTRUM
https://cov-spectrum.org/explore/Japan/AllSamples/from%3D2023-03-13%26to%3D2023-09-15/variants?&
昨日のPlanet Rock TV @PLANETROCK2014
，川上先生のシェディング、感染後のウイルス動態、PCR検査すり抜け変異、covSPECTRUMという日本ほか世界で検出された変異株の検索サイトの話、必聴、贅沢。
私が魂を削ってどのくらい残っているのか自問するツイート取り上げて頂いて恐縮です。
自問し続けます。
あかたちかこ@akatachikako 2022年12月25日
コロナになって7日経った時に身体の中のウイルスはどうなってるのか？という話を川上浩一先生（@koichi_kawakami）が解説なう
https://twitcasting.tv/planetrock2014/movie/754848511?t=7354&s=1671973716
久里子@KurikoMmm8j 2022年12月26日
Dr.岡本先生お疲れさまです🌛
川上先生が
「岡本先生いい人だよね~」
と仰った時、皆さんの和やかな笑顔が印象的な場面です🗻
ーーーーーーーー
2022/12/25 の Planet Rock
YouTube、ないのだな。
ツイキャスはこちらで見てね。🔻
昨年のメリークリスマス。
2022/12/25 の Planet Rock
https://twitcasting.tv/planetrock2014/movie/754848511?t=7354&s=1671973716
FACTCHECK！
❌健康観察の担当者から受ける「1ヶ月くらいはPCR陽性となるかもしれませんが、それは死骸です」という説明は本当でしょうか？
https://x.com/koichi_kawakami/status/1605930619631828992?s=20
FACTCHECK！
❌診断後…8日目以降に検体が採取された症例からは感染性ウイルスが検出されな かった？
第98回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和4年9月7日）
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000121431_00348.html
資料３－２ －② 鈴木先生提出資料https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/000987065.pdf
川上先生が今書いている論文 Stealth Omicron: a novel SARS-CoV-2 variant that is insensitive to RT-qPCR using the N1 and N2 primers-probes.
ステルス・オミクロン：N1およびN2プライマー-プローブを用いたRT-qPCRに感受性のない新規SARS-CoV-2変種
大阪の医師から、ある検体（49歳）が、コロナのE遺伝子とN遺伝子（N２）を見る「 Xpert Xpress」という検査キットで、E遺伝子だと陽性だったが、N２だと陽性にならなかった。
そこで、その検体を、N遺伝子（N１とN２）を見ているRT-qPCR（タカラのキット）で検査すると陽性にならなかった。そこで、さらに TRCReady. SARS-CoV-2 (TOSO BIOSCIENCE 東ソー)で検査してやっと陽性になった。
その不思議な検体を大阪から送ってもらって調べた。
広い範囲でN遺伝子とS遺伝子を調べるようなプライマーを作った。
その遺伝子をPCR検査だけではなく、もう少し広い範囲をとって、塩基配列を決めてやる。
それを元々の配列と比較すると、少しずつ、”違うところ（鉛筆で囲み）”がある。
これはS遺伝子の範囲だが、S遺伝子の範囲をこのように見ると、タカラの検査キットでは検出できなかったけれども、確かにオミクロンの「BA５.2」にいちばん似ている。
（T２２８８２G 場所とTからG の変異とメモ）
そして、Nの部分をこうやってシークエンスしてやる。
それで「タカラのキット」というのは、”N遺伝子の中に”２つ”みるところがある”。
”黄色い部分に囲まれた範囲”のプライマーを作っていて、この部分を増幅して検出している。
上の画像と下の画像の ”２箇所” の ”黄色い部分に囲まれた範囲”を増幅して検出する。
そこをシークエンスしてやると、"黄色部分に囲まれた ”ピンク部分”"。
ピンク部分だけがプローブ（ある物質を検出するために用いる物質）になっていて、蛍光を発する。
それでPCR検査できる。
（上画像 N 1）ピンク部分で、２箇所、遺伝子が違う部分がある。
（下画像 N 2）ピンク部分で、１箇所、遺伝子が違う部分がある。
だから、大阪から来たタカラのキットで陽性を検出できなかった検体は、”タカラのキットが認識するNの２箇所ともに”変異”が入ってった”
（上画像 N 1）ピンク、２個の変異は、「BA５.2」には殆ど全部入っている。
だからBA５.2を検査するときは、２箇所のうちのこちらは、殆ど働いていない。
（下画像 N 2）ピンク部分だけで見ていることになる。
大阪からの検体は、たまたま（下画像 N 2）ピンク部分に１個、変異が入ってしまったから、そこでも検出できなくなってしまって、それでタカラのキットで検出できず、陽性にならなかったということが判った。
だから、このような変異が偶然入ってしまった変異株というのは、市中に蔓延している。
どの程度蔓延しているかは分からないが、このような変異株が出来つつある。
タカラのキットで検出できないということは、木下のキットでも検出できない。
木下のキットは、タカラではなく東洋紡のキットを使っているが、東洋紡も「N1」と「N２」と同じところを使っている。
今のPCRで検出できない変異株がいるということ。
ウイルス量が多くてもPCRで増えないので見つけられない。
症状があるのに陰性だったら怪しんだほうが良い。
この変異株の場合、「 Xpert Xpress」という検査キットなら、E遺伝子も見るから、Eで検出できる。
PCRの方は、シークエンスを見たらおかしなことが起こっていると分かるが、Nにもどんどん変異が入ってきているので、「抗原検査」の方は、感度が悪くなったら、何が起こっているのか、全然分からないことになる。
便利なサイト 変異株 丸わかり
covSPECTRUM
https://cov-spectrum.org/explore/Japan/AllSamples/from%3D2023-03-13%26to%3D2023-09-15/variants?&